Podczas prac archeologicznych znaleziono fragmenty naczyń, narzędzi, ślady po ogniskach. Ciekawie prezentują się osady jaskiniowe z punktu widzenia paleontologii. W namulisku natrafiono m.in. na kości niedźwiedzi jaskiniowych, hien oraz innych zwierząt występujących na tym obszarze w epoce lodowcowej.

Jaskinia Wierzchowska posiada najdłuższą trasę turystyczną ze wszystkich jaskiń w Polsce. Prowadzi ona krętym Przesmykiem Długim poprzez Salę z Kotłami i Hotelik do największej komory jaskiniowej - Sali Balowej i dalej do Sali Człowieka Pierwotnego. Ściany i strop komór pokrywa ładna szata naciekowa. Dużą atrakcją są nietoperze (gł. podkowce małe) oraz pająki meta menardi. Jaskinię Wierzchowską można zwiedzać z wykwalifikowanym przewodnikiem. Prowadzi przez nią wytyczona, bezpieczna i profesjonalnie oświetlona trasa.
Jaskinia posiada status pomnika przyrody na terenie Jurajskiego Parku Krajobrazowego "Dolinki Podkrakowskie" oraz stanowi jeden z kluczowych punktów programu turystyczno-rekreacyjnego pod nazwą Pierścień Jurajski.